FIBROSIS QUÍSTICA: SECUENCIACIÓN Y CLASIFICACIÓN DE VARIANTES
La División de Servicios de Laboratorio Consolidados realiza pruebas de detección de segundo nivel para la fibrosis quística después de una prueba de detección anormal de primer nivel para tripsinógeno inmunorreactivo (IRT) elevado. Al secuenciar el gen asociado con la fibrosis quística (CFTR) y buscar la presencia de variantes conocidas, a menudo denominadas mutaciones, DCLS puede identificar a los bebés con un mayor riesgo de desarrollar fibrosis quística.
En primer lugar, si su hijo ha sido identificado como un posible portador de fibrosis quística, debe ser evaluado por un especialista para confirmar oficialmente su estado de portador y descartar la enfermedad.
La fibrosis quística es un trastorno autosómico recesivo, lo que significa que un bebé afectado debe recibir una copia de un gen de fibrosis quística afectado de cada uno de sus padres. Si un bebé solo recibe una copia de uno de los padres, se considera portador. Un portador de fibrosis quística tiene un mayor riesgo de transmitir la fibrosis quística a sus futuros hijos, por lo que los portadores deben consultar a un asesor genético cuando comiencen a pensar en tener hijos propios.
La División de Servicios Consolidados de Laboratorio (DCLS) examina más de 1000 variantes en la base de datos de2 CFTR clasificadas como "Causantes de FQ" o "Consecuencias Clínicas Variables". Varias eliminaciones grandes y variantes complejas no se incluyen en el cribado DCLS debido a limitaciones en el método de prueba. Para una lista actual de variantes incluidas en el panel de cribado DCLS, ver aquí.
Tenga en cuenta que la base de datos de2 CFTR se actualiza periódicamente a medida que se dispone de nueva evidencia clínica y funcional. DCLS monitorear estas actualizaciones y trabaja activamente para revisar e incorporar variantes recién clasificadas en nuestro ensayo. La lista de variantes proporcionada aquí se actualizará y los especialistas serán notificados cada vez que cambie el panel DCLS.
La División de Servicios de Laboratorio Consolidados (DCLS) se basa en la base de datos de2 CFTR para determinar la clasificación de una variante. Una variante se refiere a un cambio en el código genético, pero no todas las variantes causan enfermedad. Las siguientes caracterizaciones y sus definiciones son asignadas por la base de datos de2 CFTR, salvo que se especifique lo contrario. Para más información sobre el proceso de caracterización de bases de datos2 CFTR, consulte aquí.
- Causa de fibrosis quística: Una variante en una copia del gen CFTR que siempre causa FQ, siempre que esté emparejada con otra variante causante de FQ en la otra copia del gen CFTR .
- Consecuencias clínicas variables: Una variante de CFTR2 que puede causar FQ, cuando se empareja con una variante causante de FQ en la otra copia del gen CFTR .
- No causante de fibrosis quística: Una variante de CFTR2 en una copia del gen CFTR que NO causa FQ, incluso cuando está emparejada con una variante causante de FQ en la otra copia del gen CFTR.
- No clasificado: Una variante que debe reportar identificada por DCLS y que no está clasificada en la base de datos de2 CFTR. Esta clasificación variante se proporciona como información complementaria y está destinada a su revisión por parte de su proveedor de atención médica.
El proceso de secuenciación de la fibrosis quística permite identificar un número predeterminado de variantes conocidas dentro del gen CFTR . Cuando se informa de un resultado de "No se encontraron variantes", esto indica que ninguna de esas variantes predeterminadas fue identificada dentro del gen CFTR del bebé. Dentro de los límites del cribado, este resultado significa que no se detectaron indicadores conocidos de fibrosis quística.
El objetivo de una prueba de detección neonatal es identificar a los lactantes que pueden tener un mayor riesgo de contraer la enfermedad. La adición de la secuenciación de segundo nivel aumenta la especificidad del cribado al examinar más de cerca un subconjunto de lactantes de mayor riesgo para filtrar a aquellos sin características genéticas conocidas de un trastorno.
El proceso de secuenciación para la fibrosis quística identifica un número predeterminado de variantes conocidas dentro del gen CFTR . Aunque la secuenciación puede detectar una extensa lista de variantes, no puede descartar la presencia de todas las variantes de la fibrosis quística. Otras limitaciones conocidas de la prueba de secuenciación de detección de fibrosis quística en recién nacidos incluyen:
- Las variantes genéticas que interfieren con la amplificación de los objetivos del panel de prueba pueden dar lugar a resultados falsos negativos.
- El escalonamiento de las variantes detectadas no se puede predecir sin pruebas a los padres.
- Esta prueba no incluye variantes complejas o estructurales (como grandes deleciones/duplicaciones) más grandes que 50 bases.
- Los resultados no se confirman utilizando una tecnología alternativa.
Debido a estas limitaciones conocidas, independientemente de los resultados de las pruebas de detección, un médico debe evaluar de inmediato a cualquier bebé o niño que presente síntomas compatibles con la fibrosis quística.