SECUENCIACIÓN DEL GENOMA COMPLETO DEL SARS-COV-2
Laboratorio: Secuenciación y Bioinformática
Descripción de la prueba: Determinación de la línea de sangre del SARS-CoV-2 mediante secuenciación del genoma completo
Esta prueba está destinada a informar sobre los linajes del virus SARS-COV2 que los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades y la comunidad internacional de salud pública consideran de mayor interés y preocupación para la salud pública. Estas clasificaciones fueron desarrolladas por los CDC, en colaboración con el Grupo Interinstitucional deCOV2 SARS (SIG, por sus siglas en inglés) establecido por el Departamento de Salud y Servicios Humanos (HHS) de los EE. UU., para describir variantes con una mayor transmisibilidad, gravedad de la enfermedad, interferencia con los objetivos de las pruebas diagnósticas, disminución de la susceptibilidad a una o más terapias y/o disminución de la neutralización por anticuerpos generados durante la infección o después de la vacunación.
¿Se requiere la aprobación del pedido? No
Tipo de muestra: Hisopo nasofaríngeo o nariz (narices anteriores) en medios de transporte viral
Contenedor de recogida: tubo cónico de polipropileno de 15 mL
Volumen óptimo: >/= 1 mL
Pautas de cobro:
- Utilice los kits de secuenciación de SARS-COV2 y de envío de categoría B de DCLS para recolectar y transportar muestras
- Escriba claramente el nombre completo del paciente (apellido y nombre), la fecha de nacimiento y la "nariz" para las narinas anteriores, o "NP" para el tipo de hisopo nasofaríngeo en la etiqueta del tubo de medios
- Narinas anteriores: use un hisopo de plástico de poliéster para tomar muestras de ambas narices, no use algodón
- Nasofaringe – Sigue https://www.cdc.gov/covid/hcp/clinical-care/clinical-specimen-guidelines.html
- Coloque el hisopo en el tubo de medios provisto
- Selle herméticamente el tubo de medios para evitar fugas y colóquelo dentro de la bolsa de riesgo biológico
- Complete con precisión el formulario de envío de secuenciación de SARS-COV2 de DCLS con toda la información relevante del paciente
- Motivo de la solicitud de prueba: Secuenciación del SARS-COV2 u otros motivos indicados en el formulario
- Coloque la documentación en la bolsa exterior de la bolsa de riesgo biológico, no coloque la documentación dentro con la muestra
Los remitentes aprobados por DCLS pueden solicitar kits de recolección en DCLS_SSSKits@dgs.virginia.gov, si hay disponible un kit de prueba DCLS.
Contenedor de almacenamiento: tubo cónico de polipropileno de 15 mL
Instrucciones de almacenamiento: Almacenar las muestras refrigeradas a 2-8°C para su transferencia al DCLS en un plazo de 72 horas; las que no puedan transferir dentro de este plazo deben congelar a -70°C y enviar en hielo seco
Instrucciones de transporte:
- Siga las instrucciones de embalaje de Saf-T-Pak incluidas en el kit de envío de categoría B para preparar el contenedor
- Se deben incluir dos bolsas de hielo congeladas en el envío
- Si las muestras han sido congeladas, envíelas en hielo seco
- Selle la caja cerrada con cinta de embalaje
- DCLS coordinará una recogida de mensajería si el sitio no es atendido rutinariamente por el servicio de mensajería de DCLS
- Póngase en contacto con DCLS en (804)-648-4480 ext. 140 solicitar la recogida por mensajería de lunes a viernes de 9:00 AM – 5:00 PM
Metodología de prueba: Enriquecimiento de ADNc ARTIC y generación de la Biblioteca de Preparación de ADN Illumina. Secuenciación realizada en Illumina MiSeq o NextSeq 550
Información adicional: Los datos de secuenciación generados por DCLS tienen fines de salud pública y no deben usar de forma independiente para tomar decisiones sobre la gestión de la atención al paciente
Causas de rechazo:
- La cantidad no es suficiente para la prueba
- Espécimen etiquetado incorrectamente
- Fuera de tiempo de espera
- Espécimen recibido fuera del rango de temperatura apropiado
Posibles resultados:
- Secuenciación incorrecta
- Linaje Específico Caracterizado